Albator et son équipage sont à la recherche d'une planète idéale où la paix règnerait. La Terre et une partie de l'univers sont en effet sous la coupe des Humanoïdes, et ces derniers font tout pour éliminer le célèbre corsaire, qui constitue une entrave à leur autorité dictatoriale. C'est principalement le professeur Zon, un traître terrien à la solde de l'ennemi, qui va donner la chasse à Albator, désireux de prouver que les redoutables vaisseaux qu'il créé sont supérieurs à celui de notre héros. Mais ce dernier n'est pas seul dans l'univers...
A bord du formidable Atlantis, conçu par le génial Alfred, il peut compter aussi sur la belle Emeraldia, le jeune Johnny qui s'engage auprès de lui, ou encore sur l'oasis de l'espace, une base créée par Alfred cachée dans une comète artificielle. De nombreux dangers attendent Albator, avant de pouvoir trouver enfin sa planète idéale...