Humains et Yôkai (ou « Yôjin », comme on les appelle désormais) cohabitent dans un Japon féodal alternatif. Ils fondent ensemble un « ministère des Yôjin » afin de régler les problèmes causés par ces derniers depuis le changement calendaire imposé par les humains.
Les sous-lieutenants Kei Agemaki, Riken Yoshinokazura et Ganryû Hanakiri sont affectés à ce ministère et vont devoir faire équipe avec des demi-Yôjin. Ils découvrent des filles d’apparence tout à fait ordinaires, à quelques détails près...