Il y a 26 ans dans l'établissement de Yomiyama au Japon, un jeune nommé Yomiyama Misaki meurt dans un incendie. Ses camarades de classe de la 3-3, très attristés, décident de faire comme si il était encore en vie jusqu'à la remise des diplômes.

Vingt-six ans après le drame, en 1998, un jeune garçon nommé Koichi Sakakibara est transféré dans cette classe et y découvre une atmosphère oppressante ainsi qu'un étrange comportement provenant de ses nouveaux camarades de classe. Il rencontre alors une élève très discrète, Misaki Mei qui porte un étrange bandeau à l'œil gauche et se retrouve mystérieusement seule, mise à part des autres élèves de sa classe.

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