Akai Ito est tiré d'un roman sur téléphone portable. Il raconte l'histoire de deux adolescents (Takemiya Mei et Nishino Atsushi) qui font face à différents problèmes de la vie, comme la drogue, la mort et la violence. L'histoire montre leur maturité à travers ces expériences, et également leur relation. Ils semblent en effet connectés de façon magique par le "fil rouge du destin.”

Takemiya Mei vit avec sa sœur Haruna. Elles ont un ami d'enfance avec qui elles ont grandi comme frère et sœur : Yuya. Quand Haruna va au lycée, Mei et Yuya restent seuls pour aller au collège et l'amour commence à naître en Mei. Cependant, il semblerait que Yuya préfère sa sœur...